La Agencia de las Cualificaciones Profesionales de Aragón actúa como un instrumento de carácter técnico de apoyo  al Consejo Aragonés de Formación Profesional.   Está adscrita a la Dirección General de Ordenación Académica del Departamento de Educación, Universidad, Cultura y Deporte del Gobierno de Aragón.

La Agencia de las Cualificaciones es el cauce de colaboración y consulta  con la Administración General del Estado, para identificar y mantener actualizadas  las cualificaciones profesionales del Catálogo Nacional de Cualificaciones Profesionales relacionadas con el sistema productivo aragonés y el catálogo modular de formación profesional, así como para el establecimiento de los procedimientos relativos a la acreditación y validación de competencias.

En lo que se refiere a su organización al frente de la Agencia hay un Director que dirige y coordina sus actividades, y son dos las áreas a través de las cuales se desarrollan sus principales funciones:
Área de las  Cualificaciones y Área de Evaluación y Acreditación de Competencias.